Doanh nghiệp công nghệ sắp đối mặt làn sóng truy thu thuế?

Điểm đáng chú ý nhất là ngành thuế không còn nhìn vào tên gọi “doanh nghiệp công nghệ” hay “hợp đồng phần mềm”, mà đánh giá theo bản chất kinh tế thực tế của giao dịch.

Theo Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, chỉ sản phẩm và dịch vụ phần mềm đúng theo quy định chuyên ngành mới thuộc diện không chịu thuế GTGT. Điều này đồng nghĩa nhiều dịch vụ đi kèm như triển khai, vận hành, bảo trì, cho thuê máy chủ, hỗ trợ kỹ thuật hay đào tạo hoàn toàn có thể phải chịu thuế suất 10%.

Rủi ro lớn nằm ở chỗ phần lớn doanh nghiệp hiện nay thường gộp tất cả các hạng mục vào chung một hợp đồng tổng thể. Trong các dự án ERP hay chuyển đổi số, từ license phần mềm đến triển khai, bảo trì đều được ghi chung thành một gói doanh thu.

Theo Khoản 13 Điều 4 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, nếu doanh nghiệp không tách riêng được phần giá trị thuộc diện không chịu thuế, cơ quan thuế có quyền áp thuế GTGT 10% trên toàn bộ giá trị hợp đồng. Đây là vấn đề rất đáng lo ngại.

Ví dụ, một hợp đồng công nghệ trị giá 10 tỷ đồng, trong đó 6 tỷ đồng là phần mềm và 4 tỷ đồng là dịch vụ triển khai, vận hành. Nếu bóc tách rõ, doanh nghiệp chỉ phải nộp khoảng 400 triệu đồng thuế GTGT cho phần dịch vụ chịu thuế. Tuy nhiên, nếu hợp đồng ghi chung toàn bộ giá trị, doanh nghiệp có thể bị áp mức thuế 10% trên cả 10 tỷ đồng, tương đương 1 tỷ đồng, chưa kể tiền phạt khai sai và tiền chậm nộp kéo dài nhiều năm.

Với các doanh nghiệp công nghệ tăng trưởng nhanh nhưng dòng tiền chưa thực sự vững, khoản truy thu như vậy có thể tạo áp lực tài chính rất lớn.

Một điểm đáng chú ý khác là Công văn 2965/CT-CS hướng dẫn doanh nghiệp liên hệ Bộ Khoa học và Công nghệ nếu có vướng mắc trong việc xác định sản phẩm công nghệ. Điều này cho thấy cơ quan thuế đang chuyển dần trách nhiệm định danh sản phẩm sang cơ quan chuyên môn.

Nói cách khác, doanh nghiệp sẽ phải chứng minh bằng hồ sơ kỹ thuật, tài liệu chuyên ngành và căn cứ pháp lý rõ ràng rằng sản phẩm của mình thực sự thuộc diện phần mềm không chịu thuế GTGT. Nếu hồ sơ thiếu chặt chẽ, khả năng bị truy thu là hoàn toàn có thể xảy ra.

Thực tế này cũng buộc bộ phận kế toán công nghệ phải thay đổi vai trò. Kế toán không thể chỉ tham gia ở bước cuối để xuất hóa đơn, mà phải phối hợp từ đầu với bộ phận kỹ thuật và kinh doanh để bóc tách rõ từng cấu phần doanh thu ngay khi xây dựng hợp đồng.

Thông điệp từ ngành thuế đang rất rõ ràng: Thời kỳ mặc định miễn thuế với doanh nghiệp công nghệ có thể đã kết thúc. Và thứ khiến doanh nghiệp đối mặt rủi ro lớn nhất không phải công nghệ lạc hậu, mà là sự sơ sài trong quản trị pháp lý và thuế.